O trânsito repetido de grandes rebanhos e a sua permanência nas mesmas regiões durante meses, bem como os efeitos dos fogos e das queimadas para melhorar os pastos, ou para caçar, contribuem decisivamente para uma degradação irreversível dos solos – já de si curtos e pobres, nomeadamente por erosão na época das chuvas. Mais tarde, os arroteamentos, sobretudo de 1450 a 1550, e os contratos de aforamento, aumentam a desflorestação.
Os documentos, no tempo de D. Manuel (1498), e o regimento de reflorestação que o antecedeu (1495) que obrigava todos os moradores a plantações de árvores, visto aos olhos de hoje, terão sido medidas ténues e incompletas para o necessário fomento florestal.
A medida legislativa mais emblemática de proteção da floresta foi tomada no tempo de D. Sebastião, pelo seu tio-avó e regente, D. Henrique, em 1565 – A Lei das Árvores. Num momento de transição da política comercial da expansão para o comércio das Índias e do Brasil, há diminuição de entrada de ouro africano. Para proteger a saída de metais preciosos para o estrangeiro, procuram-se limitar as importações de madeira e, sobretudo, potencia-se a floresta nacional, protegendo-a e promovendo a reflorestação, nomeadamente nos baldios e nas propriedades privadas – “Que se prantem árvores para madeira!”. Era a expressão mais simples da Lei.
O pinhal de Leiria, que, à data, já se encontrava fortemente degradado por uma intensiva sobre-exploração, é objeto de reflorestação por legislação específica no final desse século (XVI). A partir do século XVII, incluindo a dinastia Filipina, já que em Espanha escasseava igualmente a madeira para a construção naval, a legislação continua a orientar-se pelos objetivos da reflorestação. Nomeadamente de terrenos incultos. Contudo, a falta de mecanismos institucionais para controlo da implementação dessas medidas e a ausência da difusão de práticas silvícolas, limitam muito o seu alcance.
É preciso esperar pela primeira década do século XIX para que se assista em Portugal ao nascimento, ainda que lento, da silvicultura moderna, sob orientação de Andrada e Silva, Intendente-Geral das Minas e Metais. Mas é só no final do século XIX, com a criação dos “Serviços Florestais” na DG da Agricultura, que se assiste à profissionalização silvícola do Estado. Sendo a fixação dunar com pinho e os planos de florestação de terrenos baldios serranos as suas primeiras e mais emblemáticas tarefas. Na Serra da Estrela, a preocupação com o regime hidrológico, especialmente as torrentes nas bacias do Mondego e Tejo, recomendava o aumento do coberto florestal. As areias provenientes da desagregação dos terrenos da serra esterilizavam os campos, pelo que a correção das torrentes era fundamental para proteger os trabalhos feitos na regularização dos dois rios.
Mas se a expansão ultramarina teve impacte negativo na floresta nacional, também permitiu ao longo dos séculos a introdução em Portugal de novas espécies florestais, frutícolas, e até de novas culturas alimentares.
As viagens dos portugueses pelo Mundo, bem como a ocupação da Península por árabes, romanos e outros povos, trouxeram os cedros e ciprestes, a olaia, o plátano, o carvalho americano, os abetos, a criptoméria japónica, o eucalipto e muitas outras espécies florestais. Mas também novas variedades de citrinos, a macieira, a figueira, a cerejeira, o pessegueiro, e tantas outras frutícolas, e ainda a batata, a batata-doce, o milho, o arroz e o girassol, entre vários outros exemplos. Muitas das espécies da flora nacional com importância na alimentação e na economia das populações são plantas exóticas, que viajaram milhares de quilómetros para encontrarem no nosso País um território que as acolheu e onde se puderam naturalizar.