Em paralelo, o estudo estimou que os principais acontecimentos na origem das divergências entre núcleos afastados de populações destas espécies (levando-as a evoluir diferenciadamente) ocorreram maioritariamente antes do Último Máximo Glaciar, num período que se estendeu desde há 0,6 milhões de anos (no Quaternário Médio) e há 17 milhões de anos de anos (durante o Mioceno).
Por exemplo, para o pinheiro-silvestre terá começado há 0,6 milhões de anos enquanto para o carvalho-alvar há 15 milhões.
Exceto na faia-europeia (que tem uma história mais recente de diferenciação), as populações das outras espécies começaram a diferenciar-se geneticamente muito antes da última grande glaciação e os eventos climáticos “mais recentes” tiveram menos influência nesta diferenciação, que se deveu sobretudo a barreiras topográficas (montanhas, por exemplo) que impediram o movimento das populações.
Por exemplo, barreiras montanhosas no sul da Europa, como os Alpes ou Pireneus, podem ter criado regiões isoladas de elevada altitude para as quais as espécies bem-adaptadas ao frio se deslocaram repetidamente durante os períodos glaciares, contribuindo para uma maior diferenciação genética destas populações de elevadas altitudes no sul da Europa (do que a ocorrida em populações de zonas baixas ou nas de latitudes mais a norte).
Ainda assim, o fluxo genético entre populações não foi perdido, ou seja, as trocas genéticas entre diferentes populações de uma mesma espécie continuaram ao longo do tempo, o que ajudou a manter uma ligação genética entre populações.
Quanto à evolução do tamanho efetivo das populações, isto é, do número de indivíduos de dada população que contribuiu geneticamente para a geração seguinte, apesar dos desafios ambientais significativos enfrentados durante os períodos glaciares, na generalidade aumentou ou manteve-se o tamanho efetivo das populações ao longo deste período, mesmo durante as perdas de habitat causadas pelo avanço do gelo.
Muito poucas populações apresentaram decréscimos e isto aconteceu nas que se encontravam isoladas – separadas de outras populações – e que terão registado maior deriva genética. Já a magnitude dos aumentos terá variado entre espécies, com o maior acréscimo estimado para o pinheiro-silvestre e o menor para a faia-europeia.
A equipa conclui, assim, que espécies florestais dominantes, que têm vastas áreas de distribuição, grande efetivo genético de reprodução e um fluxo genético eficiente (capacidade de movimento de genes entre populações através de processos como a polinização e dispersão de sementes) mantiveram a sua diversidade genética por longos períodos, apesar das extinções regionais que ocorreram durante os períodos mais desfavoráveis.