O solo é composto por ar, água, matéria-orgânica e uma fração mineral constituída por partículas elementares de diferentes dimensões – argilas (menores que 0,002 mm), limos (entre 0,002 e 0,02 milímetros) e areias (de 0,02 a 2 milímetros). A proporção entre estas partículas determina a textura do solo: mais arenosa ou mais argilosa.
Principalmente pelo efeito da matéria orgânica, estas partículas agregam-se e deixam vazios os espaços entre agregados, os poros. Cria-se, assim, uma matriz de agregados (zonas cheias) e poros (zonas vazias) a que chamamos a estrutura do solo.
Nesta matriz, temos poros maiores, que fazem a drenagem da água (sem eles, a água manter-se-ia à superfície), e poros mais pequenos, que a retêm e a disponibilizam às plantas. Nestas porosidades, existe espaço para poderem crescer as raízes das plantas e as hifas dos fungos filamentosos e, onde houver maior disponibilidade de matéria orgânica, outras formas de vida vão igualmente desenvolver-se: nos poros maiores, temos organismos de maior dimensão (a meso e microfauna), enquanto nos mais pequenos vão desenvolver-se colónias de micro-organismos ou micróbios, que vão revestir as paredes dos agregados.
A maior parte da atividade microbiana concentra-se nos 15 centímetros superficiais do solo, onde há mais oxigénio, humidade e matéria orgânica, e sobretudo na zona junto às raízes, pois as raízes emitem exsudados (secreções) que atraem os micróbios e lhes servem de substrato para crescer. É a esta fina camada de solo em torno das raízes das plantas que chamamos rizosfera. Ao longo do ciclo de vida da planta, esses exsudados vão mudando e recrutando diferentes comunidades microbianas.