A Quinta de S. Francisco não é oficialmente um jardim botânico, mas a presença de espécies dos mais variados locais do mundo faz deste espaço verde uma montra de biodiversidade, com perfil para apoiar a educação ambiental e florestal.
Situada em Eixo, num vale profundo e abrigado (conhecido localmente como Vale de Soão) a cerca de 10 quilómetros de Aveiro, a Quinta é atravessada por uma linha de água que, além de beneficiar o crescimento de bosques ribeirinhos, alimenta tanques e um lago, contribuindo para um ambiente refrescante, mesmo durante o Verão.
Esta localização corresponde à área de transição entre os bioclimas temperado (do Norte de Portugal) e mediterrânico (que caracteriza o Sul), o que promove a boa adaptação de espécies destas duas regiões e permite o crescimento de outras, incluindo de algumas das florestas boreais e tropicais.
Embora tenha estas condições naturais favoráveis à adaptação de espécies muito distintas, a diversidade de verdes que cobrem a Quinta de S. Francisco deve-se, sobretudo, à intervenção humana. Foi o antigo proprietário, Jaime de Magalhães Lima (1859-1936) que, há mais de um século, decidiu criar este refúgio de natureza. Depois de muitos anos de vida agitada – dedicada ao pensamento, à escrita e à política – quis rodear-se de exemplares de espécies que o deslumbravam. Admirador do pensamento de S. Francisco de Assis, foi ele quem rebatizou a antiga Quinta do Vale do Soão em sua homenagem.
É a Jaime de Magalhães Lima que se deve a presença de grande parte das quase 500 espécies de plantas que podem observar-se na Quinta de S. Francisco, tanto nativas, como exóticas, muitas delas vindas de longe. Esta biodiversidade florística contribui para a existência de habitats com características muito diferenciadas, que são, por sua vez, um convite para numerosas espécies animais, que ali encontram alimento, abrigo e, nalguns casos, a tranquilidade necessária para se reproduzirem.